O Núcleo Picinguaba corresponde ao extremo norte do PESM situado no município de Ubatubae contém 47.500ha, abrangendo cerca de 80% do território municipal, predominantemente da altitude de 100m até os picos mais altos da Serra do Mar que formam os divisores de água. Em 1979 a antiga Fazenda Picinguaba, área de domínio do governo do Estado, contendo cerca de 7.800ha, foi incorporada ao PESM, de modo a incluir trecho na divisa com o município de Paraty atingindo o nível do mar, onde foi possível implantar as estruturas administrativas a partir de 1981 e a Base de Visitação da Praia da Fazenda, em 1984. Dessa forma foram incorporados ao PESM restingas, manguezais, praias e costões rochosos que se tornaram parte do cenário protegido pela Unidade de Conservação, assim como os territórios utilizados historicamente por comunidades tradicionais (caiçaras e quilombolas).
